Ο οικισμός του Πύργου ιδρύεται την ίδια περίοδο με τον γειτονικό στη Φούρνου Κορυφή (2600-2300 π.Χ.), η κατοίκηση όμως εδώ είναι μακρύτερης διάρκειας, καθώς τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα χρονολογούνται μέχρι και την Υστερομινωική I περίοδο (1600-1450 π.Χ.). Η θέση επιλέγεται καθώς είναι οχυρή και προφυλαγμένη, ενώ διαθέτει κοντά εύφορες καλλιεργήσιμες εκτάσεις.
Ένα από τα εντυπωσιακά κτήρια που έχουν αποκαλυφθεί πάνω στο λόφο είναι ο διώροφος Τάφος-Οικία, ο οποίος κτίζεται στην ΒΔ άκρη του χωριού στην αρχή της Μεσομινωικής περιόδου (2100-1900 π.Χ.), χρησιμοποιείται όμως μέχρι και τον 15° αι. π.Χ. Λιθόστρωτος δρόμος οδηγούσε στην αυλή του τάφου, ο οποίος είχε στις πλευρές του και δύο οστεοφυλάκια. Στον τάφο είχαν ταφεί τουλάχιστον 65 νεκροί.
Στην επόμενη περίοδο (1900-1700 π.Χ.) ανήκουν ένας πύργος και μια δεξαμενή νερού, ενώ στο κέντρο του οχυρωμένου οικισμού βρισκόταν μεγάλο κτήριο, ίσως η έδρα του τοπάρχη. Η κεραμική μοιάζει εντυπωσιακά με την κεραμική των Μαλίων, εντάσσοντας τον οικισμό του Πύργου στη σφαίρα επιρροής του ανακτόρου. Την Υστερομινωική I περίοδο (1600-1450 π.Χ.) ανεγείρεται στην κορυφή του λόφου επιβλητική αγρέπαυλη. Η αρχιτεκτονική της διακρίνεται για τα ανακτορικά χαρακτηριστικά. Θα ήταν το διοικητικό κέντρο ολόκληρης της πεδιάδας του Μύρτου, ενώ η αποκάλυψη πινακίδων Γραμμικής Α και σφραγισμάτων επιβεβαιώνουν τον χαρακτήρα του κτηρίου.
Τέλος, κατά την ελληνιστική περίοδο (4ος -1ος αι. π.Χ.) ιδρύθηκε ιερό πάνω στα μινωικά ερείπια, το οποίο σύμφωνα με επιγραφή που ήρθε στο φως, ήταν αφιερωμένο στον Ερμή και την Αφροδίτη.