Ο οικισμός της Βασιλικής είναι από τους παλαιότερους με πολεοδομική οργάνωση. Χρονολογείται στην Πρωτομινωική II περίοδο (2600-2300 π.Χ.). Αναπτύσσεται στις πλαγιές και την κορυφή χαμηλού λόφου μέσα στην εύφορη πεδιάδα του Ισθμού της Ιεράπετρας, θέση στην οποία οφείλει την ακμή του.
Το κεντρικό κτήριο του οικισμού, η επονομαζόμενη «Οικία του Λόφου», είναι ένα μεγάλο οικοδόμημα, πρόδρομος των μεταγενέστερων μινωικών ανακτόρων. Τα δωμάτια του είναι ορθογώνια και η επικοινωνία μεταξύ τους γινόταν μέσω μακρών διαδρόμων. Η νότια πτέρυγα είναι η μεγαλύτερη. Μερικά από τα επιμήκη δωμάτια μπορούν να ταυτισθούν με αποθήκες, άλλα είναι προσωπικά ενδιαιτήματα, ενώ υπάρχει και μια πλακόστρωτη αυλή με φωταγωγό ή λαξευμένο στο βράχο αγωγό. Η εσωτερική επιφάνεια των δωματίων ήταν επενδυμένη με ερυθρό κονίαμα, ενώ οι τοίχοι ενδυναμώνονταν με δοκάρια ξύλινα, παράλληλα προς αυτούς. Στο ισόγειο OL τοίχοι είναι δομημένοι με μικρές πέτρες, ενώ ο όροφος ήταν κατασκευασμένος από πλίνθους.
Η κατοίκηση στο λόφο συνεχίζεται και κατά τις επόμενες περιόδους. Ειδικά στη Μεσομινωική περίοδο (2100-1700 π.Χ.), τα σπίτια θα πρέπει να καταλάμβαναν όλη την ανατολική πλευρά του λόφου. Στη φάση αυτή ανήκει η «Οικία Α», αξιόλογο οικοδόμημα, εξαιρετικής κατασκευής με εσωτερικούς πλίνθινους τοίχους, το οποίο βρισκόταν στη διασταύρωση δύο δρόμων που διέσχιζαν διασταυρούμενοι τον ουασμό. Έχουν επίσης αναγνωριστεί τμήματα κτηρίων της Υστερομινωικής I περιόδου (1600-1450 π.Χ.).
Ένα σημαντικό ιερό της ΥΜ ΙΙΙΓ περιόδου (1200-1100 π.Χ.) αποκαλύφθηκε στον γειτονικό λόφο της Κεφάλας. Στο «άδυτον» του νάίκού συγκροτήματος αποκαλύφθηκαν στη θέση τους πάνω σε θρανία αγαλμάηα θεαινών με υψωμένα χέρια με τη μοναδική ένθρονη θεά να ξεχωρίζει ανάμεσά τους.
