Ο ναός του Αφέντη Χριστού στην Ιεράπετρα βρίσκεται στην παραλιακή ζώνη, στην παλιά πόλη της Ιεράπετρας, σε μικρή απόσταση από το φρούριο,Καλέ. Ο ναός είναι δΐκλιτος, με άνισου πλάτους κλίτη, και με νάρθηκα σύγχρονης κατασκευής στη δυτική πλευρά. Σε νεώτερη εποχή έχουν κατασκευαστεί δύο τρούλλοι στο δυτικό τμήμα των δύο κλιτών. Οι πολλαπλές επεμβάσεις και μετατροπές έχουν ως αποτέλεσμα να μην είναι ορατά τα αρχικά χαρακτηριστικά του ναού.
Ο Αφέντης Χριστός θεωρείται ο αρχαιότερος ναός της Ιεράπετρας. Η ύπαρξη εντοιχισμένων γωνιακών επικράνων στις γωνίες της ανατολικής και της βόρειας πλευράς, μαρτυρεί τη χρήση αρχιτεκτονικών μελών, πιθανόν ρωμαϊκής περιόδου, σε δεύτερη χρήση. Ένα κιονόκρανο, υστερορωμαϊκής επίσης περιόδου, βρίσκεται στο εσωτερικό του ναού.
Στη διάρκεια του 20ού αιώνα κατασκευάστηκε η προσθήκη του νάρθηκα στη δυτική πλευρά και έγιναν ριζικές μετατροπές στα ανοίγματα. Υποθέτουμε ότι την ίδια περίοδο έγινε η προσθήκη των τρούλλων. Στη συνέχεια έγινε αγιογράφηση των εσωτερικών επιφανειών.